河南航空公司的前身是鲲鹏航空公司。鲲鹏航空由深圳航空于2007年9月和美国最大的支线航空公司梅莎航空集团、美国山岳信托公司共同出资5亿元组建，初设基地机场为西安咸阳机场。

　　2009年6月，鲲鹏航空主运营基地和总部由西安迁至郑州。2009年11月9日，深圳航空公司宣布，深航已与河南省政府签署合作协议，鲲鹏航空将接受河南省政府注资。

　　2010年3月29日，河南航空发布公告称，原鲲鹏航空已完成主运营基地、住所地的变更程序，正式更名为河南航空。