俗话说：“官修衙门民修庙。”自明嘉靖年间重建上清宫后，邙山翠云峰上便再无大的工程。以后，上清宫的维修大都由百姓、道士出面募集资金，修修补补，时断时续，道士在此惨淡度日。

　　明崇祯五年（1632年）二月，邙山某村有一秀才叫关本定，他想躲避尘世的喧闹，便只身来到上清宫老君殿后院居住。见上清宫满目荒凉，他感叹不已，就联合庄邻陈天启、陈甲第等人，又联系各镇亲友，结为一个香火社，募集资金改建了山门门楼前后等处建筑，又在东郡边放置了一尊塑像，以保佑一方。他们还请来了全真道龙门派第八代传人游守道住庙，以奉香火。

　　进入清代，上清宫历经多次修葺。据载，康熙年间，上清宫住持道士曾募捐修玉皇阁。雍正年间，河南知府张汉主持修上清宫，还亲撰《重修洛阳上清宫记》。

　　后来，全真道龙门派第十二代传人、上清宫三传道会司道士萧阳琯会请道众跪拜洛阳地方长官，以求修上清宫。洛阳县令李之骏捐银24两，县监捕凌茂修捐银8两，登封县城守营副司许鉴捐银1两，四方村庄善男信女捐银若干，重修了玉皇阁、山门、舞楼等。

　　嘉庆和咸丰年间，洛阳民众捐资重修上清宫，使其面貌焕然一新。这次修缮的建筑有玉皇阁、三清殿、老君殿东西鼓楼、四帅殿东灵官殿、西玄坛殿等。

　　当时修葺上清宫还发生过这样一件事。清康熙三十二年（1693年），阎中丞督饷驻守洛阳期间，捐资修葺上清宫，并给上清宫置办香火地800亩。后立的上清宫香火地坐落碑碑文记载，当时，上清宫住持道士王太绪移往洛阳城内的铜三官庙，他推举弟子刘清普留住上清宫。谁知，刘清普见上清宫家业大，便盘算着据为己有。王太绪作古后，他的另一弟子声称师父派他来住持，其目的也是捞油水。双方为占据上清宫争斗多年，置庙内事务于不顾。众信士和附近群众看在眼里，急在心上，一天，10余人拥进上清宫，将不守清规的黄冠败类一一驱除，并另请道士田常明住持上清宫，以奉香火。田常明后在众多信士的支持下，进行了上清宫庙产清查，结果查出香火地实有712亩，已被卖了88亩。

　　清代以来，虽说上清宫大部分时间处于破败状态，可由于其文化底蕴尚存，仍有不少名士光顾。康熙五年（1666年），礼部尚书粘本盛赴云南主持典试，途经洛阳，在上清宫题诗10首并以草书刻石镶于翠云洞壁。其诗云：“洛阳花锦逐时开，桃李曾经信手栽。文聚天中传盛事，层看瑞气蔚楼台。”

　　粘本盛，字道恒，福建晋江人。他曾任河南推官，居洛数年。他虽为官宦出身，却通道家水火升降之术，善导养，与上清宫道士常来常往，著有《道家世学像赞》、《道养初乘》等。

　　吏部侍郎兼掌院学士、河南学政汤右曾在上清宫留诗曰：“柱下遗文属老成，神宫千载祀周京。空山日出生虚白，远水云间见太清。松古会栖缑岭鹤，钟残犹听上林莺。乾坤消息归刍狗，不见关门紫气生。”“东来形势尚依然，西去犹龙不复还。仙李虚无朝献礼，猗兰悠远降灵年。客来函谷秋风里，雁去王城夕照边。不见尼山车马迹，空令遗史到今传。”

　　据载，汤右曾甚有诗名。有一年，他到承德避暑山庄朝谒康熙皇帝。康熙先让他呈上近作，汤右曾吟《文光果》一诗献上。康熙当即和诗一首，有一句道：“丛香蜜果待诗公。”（徐晓帆 赵荣珦 著）